如果个人从两处以上取得工资薪金收入，尽管发工资时公司扣了税，但在个人所得税汇算时，两处的工资薪金需要合并计算应交税款，但社保、公积金、子女教育、赡养老人等扣除项目总额不变，有可能由于适用税增高等原因，导致需要补交税款。个人所得税汇算，是将个人工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费等四项收入汇总计算个人所得税，如果个人除工资之外，还有其他应税收入，个人所得税汇算是有可能需要补缴税款。
1、为什么要交个人所得税？
为什么要交个人所得税？这个问题还需要问答吗？看看门前宽阔的马路，高速奔腾的高铁，天上飞的飞机，地下跑的地铁，各种基础建设，哪个不需要钱，不交税国家哪来的钱搞基础建设？不要抬杠说，有企业所得税，有各种增值税等乱七八糟的税，但那些税收收入还不够，个人从社会中获取了财富，就需要缴纳税。当然，个人所得税的作用不仅仅是国家需要钱，还有一个功能就是调解收入，降低贫富差距，
2、为什么交了个人所得税还要再交企业所得税？
只交个人所得税，不交企业所得税个人独资企业、个体工商户、合伙企业，这三类企业只缴纳个人所得税，不缴纳企业所得税。这三类企业的员工，按工资薪金计算、申报和缴纳个人所得税；这三类企业的企业主或合伙人按经营所得计算、申报和缴纳个人所得税，这三类企业不属于企业法人，不能独立承担民事责任，其民事责任的承担为企业主/普通合伙人，企业主/普通合伙人为企业的债务承担无限连带责任，故不征企业所得税。
交个人所得税，交企业所得税，再交个人所得税此类情况存在于法人企业，即公司制企业，包括有限责任公司和股份有限公司，且股东有自然人存在，第一道税是个税，是指员工按工资薪金申报和缴纳。员工的工资薪金是企业的重要运营成本之一，第二道税是企业所得税，企业的收入扣除成本、包括工资薪金在内的运营费用等，若有余，则要缴纳企业所得税，税率为25%，另外还有优惠税率。
第三道税也是个税，不过是针对自然人股东征收的，按股息利息红利所得，20%的税率计算缴纳，如果企业交完企业所得税后，股东会（大会）决议通过对股东分红，此时自然人股东才会涉及分红的个税缴纳，如果股东会决议不分，那么则不需要缴纳该税。如果某自然人既是公司的股东，又是公司的员工，则可能涉及上述三道所得税，如此设计的原因个人认为主要有两个：一、征税财政来源主要是税收，税法的目的就是征税。
3、公司扣税了为什么个税要补交？
以下原因可能会造成公司扣了税，在年度个人所得税汇算时需要补缴：一、个人从两处以上取得了工资薪金收入，如果个人从两处以上取得工资薪金收入，尽管发工资时公司扣了税，但在个人所得税汇算时，两处的工资薪金需要合并计算应交税款，但社保、公积金、子女教育、赡养老人等扣除项目总额不变，有可能由于适用税增高等原因，导致需要补交税款。
二、个人取得了不同应税项目的收入，个人所得税汇算，是将个人工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费等四项收入汇总计算个人所得税，如果个人除工资之外，还有其他应税收入，个人所得税汇算是有可能需要补缴税款。三、个人在2019年度中间换了工作单位，如果个人在2019年度中间换了工作单位，新入职的单位在发放工资代扣代缴个人所税时，系统不能将之前任职单位已经代扣代缴数据传递到新任职单位，这样代扣代缴数据就不具有连续性，有可能导致在年度汇算时需要交税款。
