正是因为独立保函的上述特点，独立保函无疑降低了施工单位在施工过程中的谈判地位，增加了施工单位被业主恶意索赔风险。
一、独立保函的风险
恶意兑付风险
恶意兑付风险是指在施工单位没有违约的情形下，业主故意兑付保函的风险。实践中，业主往往要求施工单位提交见索即付保函，要求保函中载明施工单位如有违约行为，银行在收到业主提交的保函索赔申请文件后就应立即无条件支付相应款项。银行兑付保函只需对业主提交的单据是否符合保函规定进行形式审查。因此，即使施工单位没有违约，但业主想让施工单位退场、让施工单位在某些地方让步或者达到自身某些目的，也会恶意兑付保函，由此向施工单位施压。在业主恶意兑付保函后，由于是见索即付保函，施工单位将很难阻止银行兑付。
丧失谈判地位风险
在独立保函开具后，由于业主和施工单位地位不平等等原因，业主很可能在过程中寻找施工单位违约的情形，并以兑付保函相威胁，从而逼迫施工单位认可业主的工期要求、价款要求、质量要求、新的保函要求等，施工单位难以反抗。
失信与丧失现金流风险
实践中，施工单位通常会选择有业务往来的合作银行作为保函的开立人。合作银行基于施工单位的历史信用及施工单位的存款，通常不会要求施工单位额外提供保证金。但是，一旦业主向银行兑付保函，为保障自己的追索权可以实现，银行通常会要求施工单位在银行存入等额现金作为保证金，否则就会降低施工单位在该银行的信贷额度，严重影响施工单位在银行的信用度。并且，若施工单位为了保障自身在银行的信用度，将等额现金存入银行。如此，保函项下款项不仅将被业主提取，与保函金额等额的现金也将无法使用。实践中，履约保函的金额动辄几千万，一旦业主向银行兑付保函，施工单位将面临巨额现金被提取或冻结，企业现金流将面临巨大的压力。
二、风险防范与应对
1、审慎选择保函格式
在施工合同中未约定保函格式或者未约定要求施工单位必须开具独立保函的情形时，施工单位应避免开具独立保函，而是选择开具一般保函，以免增加自身风险。
2、对业主资信进行审查
在保函开具前，应对业主的资信进行审查，包含业主的注册资金、在行业内的地位、业主涉诉情况、土地出让金缴纳情况以及过往履约情况，并注重对业主是否有恶意提取保函行为的调查。在业主资信不良或者业主有恶意提取保函记录时，应拒绝开具独立保函，而是通过协商谈判，要求开具一般保函。
3、对独立保函相关约定进行审查
在开具独立保函时，施工单位应注重合同中对保函担保内容的相关约定进行审查，一般包含以下内容：
1
对施工单位的违约责任和赔偿责任进行审查。若违约责任极不合理或者赔偿责任过重，那么施工单位在开具保函前应清楚很可能在履约过程中业主很可能以施工单位违约为由，提取保函。
2
对保函没收责任条款进行审查。有的业主会在合同中约定，当施工单位出现某些情形时，业主有权没收保函，即保函项下所有金额归业主所有。此种约定风险极大，在有相关约定时，施工单位一方面要做到不要出现相关违约情形，另一方面应尽量通过谈判或者协商，更改相关约定。
3
对续开保函责任条款进行审查。续开保函条款审查应注意：续开保函时间、续开保函格式、续开保函金额等。
4、约定提取保函单据
根据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》第一条的规定，业主向银行请求付款时，需向银行提交符合保函要求的单据。该等单据包括但不限于付款请求书、违约声明、第三方签发的文件、法院判决、仲裁裁决、汇票、发票等表明发生付款到期事件的书面文件。
因此，施工单位应尽量争取有条件的保函，即在保函中约定业主提取保函时应提交的单据数量越多、获取难度越大越好。如要求业主在提起保函索赔申请时应提供施工单位违约的证明材料；或约定业主提取保函后应先将提取的款项交付第三方，待业主与施工单位争议解决后再确定是否交付业主；也可以约定业主提交保函索赔申请与银行兑付保函之间有一定的时间，以便为施工单位组织证据、向法院申请止付、提起保函欺诈诉讼、甚至就争议问题提起诉讼，或申请财产保全争取时间。
